ДНК-диагностика

korsak · #1 04.04.2007, 20:43

Уважаемые генетики!
Подскажите, пожалуйста, есть ли в России лаборатория, где бы перечень диагностических услуг был пошире, чем в московском Центре Молекулярной Генетики?
А как с этим обстоит дело за границей? В частности, интересует исследование генов, вызывающих скелетные дисплазии -GFR3, COMP, SHOX, ROR-2...
Почему-то в Центре Молекулярной Генетики делают только "анализ наиболее частых мутаций в генах FGFR3, COMP", почему не ищут конкретную мутацию?
Ответьте, пожалуйста, если владеете подобной информацией.
Спасибо.

vrr · #2 05.04.2007, 00:04

Цитата:

Сообщение от korsak

есть ли в России лаборатория, где бы перечень диагностических услуг был пошире, чем в московском Центре Молекулярной Генетики?

ключевое слово здесь - "диагностических". Таких, чтобы Вы пришли с пробиркой крови и получили ответ - нет. А более оснащенные - конечно есть.

Цитата:

Сообщение от korsak

Почему-то в Центре Молекулярной Генетики делают только "анализ наиболее частых мутаций в генах FGFR3, COMP", почему не ищут конкретную мутацию?

Так конкретные и ищут. Оба гена состоят из мелких и крайне разбросанных кодирующих участков, пцр всего гена будет очень дорогой и главное - потребует опыта работы со всеми этими участками. Поэтому реально можно рассчитывать только на коммерчески доступные киты (в крайнем случае - ручной пдрф на пару-тройку мутаций). Может, все-таки имеет смысл обратиться в МГНЦ?

korsak · #3 05.04.2007, 11:47

Цитата:

Сообщение от vrr

ключевое слово здесь - "диагностических". Таких, чтобы Вы пришли с пробиркой крови и получили ответ - нет. А более оснащенные - конечно есть.

Так конкретные и ищут. Оба гена состоят из мелких и крайне разбросанных кодирующих участков, пцр всего гена будет очень дорогой и главное - потребует опыта работы со всеми этими участками. Поэтому реально можно рассчитывать только на коммерчески доступные киты (в крайнем случае - ручной пдрф на пару-тройку мутаций). Может, все-таки имеет смысл обратиться в МГНЦ?

Да, обратимся, конечно. Просто нам доктор-генетик сказал, что исследование 2-3 наиболее частых мутаций - в море капля, учитывая, что их (мутаций)-может быть бесконечное множество.
Вот я и думаю на будущее. После того, как наиболее частые мутации найдены не будут, что дальше? Куда можно обратиться? Может в каких-то странах возможности генетики не такие ограниченные?

**nata-k** · #4 05.04.2007, 18:34

Цитата:

Сообщение от korsak

Может в каких-то странах возможности генетики не такие ограниченные?

Во всех развитых странах возможно сделать полный сиквенс гена. Но уверена, что это достаточно дорого.

MaMa25 · #5 06.04.2007, 09:04

Поисковая система по зарубежным ДНК-лабораториям [Ссылки доступны только зарегистрированным пользователям ]

Igor_S · #6 06.04.2007, 12:12

Цитата:

Сообщение от nata-k

Во всех развитых странах возможно сделать полный сиквенс гена. Но уверена, что это достаточно дорого.

В Москве скорее всего тоже, но цена будет о-очень приличная.

korsak · #7 06.04.2007, 17:16

[Ссылки доступны только зарегистрированным пользователям ] - тоже поисковая система по западным ДНК-лабораториям. Через этот сайт нашла, что интересующая меня диагностика проводится в трех местах:
1. Нидерланды (Leiden University Medical Center)- стоимость исследования одного гена - 669 евро; в случае пренатальной диагностики - 706 евро. Срок - 3 месяца.
Для нашей семьи дороговато, но не все же как мы - простая семья из глубинки. Для кого-то это вообще копейки. Сложность только в том, что им нужно 10 мл крови, про возможность выделения ДНК из пятна на бумажке на сайте у них ничего не сказано :-( А я рассчитывала именно на такой вариант, поехать в Нидерланды у нас точно не получится.
2. Германия (Center for Human Genetics). Еще не изучила их условия.
3. Ohio State University-Molecular Pathology Laboratory, тоже не изучала еще.

vrr · #8 06.04.2007, 17:58

Цитата:

Сообщение от korsak

Сложность только в том, что им нужно 10 мл крови, про возможность выделения ДНК из пятна на бумажке на сайте у них ничего не сказано :-( А я рассчитывала именно на такой вариант

они правы, при амплификации участков такого размера буккалка - не самое разумное решение. Свяжитесь с лабораторией, выясните, действительно ли они делают полный сиквенс гена за указанную сумму (по-видимому, это все же не весь ген, но можно уточнить у них суммарную длину продукта), и если это так, найдите способ передать пробирку быстрой почтой. Предварительно уточните, какой антикоагулянт они предпочитают. В таможенной декларации лучше не указывать что это и зачем.

korsak · #9 06.04.2007, 19:18

Цитата:

Сообщение от vrr

они правы, при амплификации участков такого размера буккалка - не самое разумное решение. Свяжитесь с лабораторией, выясните, действительно ли они делают полный сиквенс гена за указанную сумму (по-видимому, это все же не весь ген, но можно уточнить у них суммарную длину продукта), и если это так, найдите способ передать пробирку быстрой почтой. Предварительно уточните, какой антикоагулянт они предпочитают. В таможенной декларации лучше не указывать что это и зачем.

Спасибо за совет!
Посмотрите, пожалуйста, знающие люди , весь это ген или нет:
[Ссылки доступны только зарегистрированным пользователям ]

Там в таблице указаны какие-то интроны/экзоны. Для нас это тёмный лес, естественно. Как я понимаю, это если и не весь ген, то бОльшая его часть. И более детального исследования всё равно нет.
А насчет антикоагулянта... на сайте написано, что кровь должна быть доставлена в течение не более 4 суток.

vrr · #10 06.04.2007, 20:15

Из описания "Sequencing Analysis: of exons 7,10,15,19 for TD and 9,10,13,15 for ACH AND HCH" можно подумать что речь идет о сиквенсе, но внизу они дают еще и список полиморфизмов. По-видимому, это все мутации которые они могут хоть как-то трактовать, и это уже немало. На всякий, уточните - 1) секвенирование ли это (может просто разделение фрагментов на секвенаторе) 2) какой длины трейс Вы получите от них (то есть на сколько б.п. кодирующего участка)

Цитата:

Сообщение от korsak

А насчет антикоагулянта... на сайте написано, что кровь должна быть доставлена в течение не более 4 суток.

современная пошта ходит быстро, успеете

Насчет хранения - повторяю, спросите у них.

Да, теперь небольшой дисклеймер, коли Вы почти у цели. Никто из участников не склонял Вас к проведению дорогого молекулярного исследования, и никто не обещал Вам достоверно связать клинику с мутациями которые могут обнаружиться. Пожалуйста, взвесьте все еще раз, поговорите с врачом который первым порекомендовал Вам типироваться. По списку генов, которые Вы приводили, понятно что интересует Вас диагностика аномалий роста хрящевой ткани либо связанных гормональных проблем. Наверное, Вы в курсе, что генов замешанных здесь много, много больше, чем в Вашем списке. Так что шанс промахнуться с выбором гена очень велик.

korsak · #11 10.04.2007, 15:27

Большое спасибо за советы!
Мы сначала все-таки сдадим анализы в МГНЦ. И, если они ничего не дадут, тогда будем звонить или писать в Лейден. Ни один врач нам этого не советовал, мы по собственной инициативе.
То, что может быть ошибка с выбором гена, понятно(читала статью на эту теме на РМС). Но все-таки у нашего ребенка вся клиника ахондроплазии налицо. Несоответствие только в том, что родился он уж больно крупным(57 см.). Да и сейчас в 7, 5 месяцев его рост 70 см. Поэтому начать , я думаю, нужно именно с FGFR3...
Ведь, насколько я поняла из объяснений доктора, единственный способ спрогнозировать риск возникновения подобной патологии у наших будущих детей - выявить, какая именно мутация у ребенка, а потом нам, его родителям, сдать анализ на эту конкретную мутацию( определить, не являются ли они носителями поврежденного гена?)? Я правильно поняла?

**nata-k** · #12 11.04.2007, 10:04

Цитата:

Сообщение от korsak

Ведь, насколько я поняла из объяснений доктора, единственный способ спрогнозировать риск возникновения подобной патологии у наших будущих детей - выявить, какая именно мутация у ребенка, а потом нам, его родителям, сдать анализ на эту конкретную мутацию( определить, не являются ли они носителями поврежденного гена?)? Я правильно поняла?

Да, Вы правильно поняли. Это единственный путь.
Думаю, что уважаемый vrr пытается предостеречь Вас, что этот путь может оказаться очень трудным

.

Желаю Вам удачи!
Если будут вопросы - обращайтесь.

irixa · #13 11.04.2007, 15:52

Korsak,скажите,пожалуйста,а какой рост у вас и у вашего мужа?

korsak · #14 11.04.2007, 17:25

мой рост - 172 см., мужа - 190 см.

korsak · #15 07.05.2007, 20:13

Ну вот, пришли результаты из МГНЦ, наиболее частых мутаций в гене FGFR3 у нашего сына не обнаружено, по гену COMP результатов еще нет, да и наверняка тоже отрицательно.
При более внимательном рассмотрении информации на сайтах западных ДНК-лабораторий выяснилось, что везде проверяют те же самые 2 мутации, что и в МГНЦ (и встречаются эти мутации у 99% больных ахондроплазией). Только они связаны с клиникой, остальные -"unclassified variantы".
Наш генетик советует сдать анализ на кариотип. Говорит, что есть небольшая вероятность синдрома Шерошевского-Тернера (и что анализ на кариотип может не выявить этого) или вообще какой-нибудь неизвестный синдром. А поскольку неизвестный, то неизвестно по какому типу наследуется :-(
Вот такие невесёлые дела...Неизвестность - хуже всего.
Наверное, нам и посоветовать нечего?