И еще вопросик, кроме заместительной терапии действительно никто еще негде не придумал и не применяет никакой метод лечения этой проблемы?

Так проблемы и не было - неужели было бы лучше родиться с гипотиреозом? Да и сейчас нет - заместительная терапия все решит.
Когда придумают что-нибудь, кроме полива, для роста растений в засуху, придумают что-то и кроме заместительной терапии.
Чем оная так провинилась в Ваших глазах ?

Я боюсь что ее организм привыкнет к ней, и щитовидная железа расслабится, и вовсе перестанет выполнять свои функции

К чему? Тироксин -это и есть то, что вырабатывает железа.
У ребенка она работает недостаточно- с таким же основанием можно было бы не носить протез при ампутированной конечности.
Но !!! Уже два дня я говорю - ПОСМОТРИТЕ АТТПО и пришлите данные УЗИ - поговорим о прогнозе. В принципе Вы осуществляете насилие над ребенком, лишая его необходимых гормонов в силу неких своих представлений о болезни, отличающихся от разумных, но распространенных у обывателей.
Ничего нового в Вашей позтиции нет - описаны катастрофические случаи, когда детишки с врожденным гипотиреозом в 19 лет не говорили и не держали голову, легко размещая тельце в колыбельке - потому, что мама не хотела "давать гормоны".

Хорошо. до сдадим анализы и свяжусь с Вами обязательно. Спасибо за помощь