Здравствуйте. Скажите пожалуйста. У меня диагноз: Аутоимунный тиреоидит, гипотиреоз. Пропила курс л-тироксина. Немного снизился ТТГ,Т3 из уменьшенного встал в норму. Антитела были высокими, но повысились еще больше. С чем это может быть связано?

С тем, что лечение гипотиреоза не ставит перед собой цель снизить антитела. Их не нужно контролировать. Понятия "курс тироксина" при гипотиреозе не может быть - заместительная терапия постоянная, под контролем ТТГ. Цель - ТТГ 0,5-2,0.

А что же такое антитела? Для чего тогда вообще на них сдают анализ?

Антитела в данном случае указывают на причину Вашего гипотиреоза. Т.е. на аутоиммунную патологию железы, в результате которой она стала вырабатывать меньше гормонов, чем нужно. Этот анализ нужен (далеко не всегда), когда врач хочет подтвердить причину гипотиреоза.
Но в любом случае - один раз сдали. и больше не нужно. Они все равно будут повышены, а сама цифра значения не имеет