По поводу чувствительности и специфичности ПЦР наборов для определения C.psittaci, вот что написал мне производитель наборов:
«Популярно говоря, праймеры выбираются с консервативных участков генома (участки генома не меняются или медленно меняются в ходе эволюции), которые выявлятся после так называемого "выравнивания" (сравнения) последовательностей из разных геномов (alignment). Консервативные участки генома отличаются стабильностью, т.е. не (или мало) подвержены мутациям сотни или тысячи лет. Как я уже говорил в прошлый раз, праймеры на Cps выбраны специально для специфической реакции используя в качестве матрицы ген MOMP как наиболее хорошо изученный локус в роде Chlamydia. Значительно труднее выбрать одну общую пару на весь род, не дающих перекрестных реакций с другим близким родом.
Для продвинутых пользователей могу предложить пробный набор Cps на 20
реакций.»
«Праймеры на Cps выбраны после выравнивания генов MOMP всех хламидий. Неспецифичная амплификация возможна если темп.отжига упадет ниже 56 град. Перекрестная реакция возможна с другими хламидлфилами, но не с трахоматис и пневмония. Приятно, что интересуются.»
«PS: Я только что прогнал свои проймеры по BLAST и могу точно сказать, что перекрестная реакция возможна только с Chlamydophila abortus, но при температуре ниже 56 град. В одном праймере 100 гомология, а в другом – две замены.»
P. S. Мы (ЗАО «А/О ЮНИМЕД») продаем сухие лиофилизированные наборы(храняться при комнатной температуре до года без потери качества) для ПЦР анализа единственного в Росси производителя. Если кто-то еще способен произвести подобные наборы – сниму перед ним шляпу и немедленно предложу директору рассмотреть вопрос о сотрудничестве (даже если производство будет в Тольяти
).