Здравствуйте, прокоментирую некоторые моменты, может что-то прояснится.
Во-первых нужно исключить (а может и подтвердить) осложнение хронического тонзиллита. При этом отмечу, что скопление слизи в горле, покраснение горла и боли - не патогмоничные симптомы (то есть совсем не обязательно указывают на тонзиллит).
Это может быть связано с пищевыми привычками (пристрастие к острой, горячей пище), вредности (курение или пыль/газы на работе).
Часто такое встречается при ГЭРБ, как это проверить напишу ниже.
Вид небных миндалит также может быть различный и их увеличение не влияет на течение болезни (ну если процесс не острый). Скопление "пробок"(детрит или казеозные массы) раньше рассматривалось как признак хронического процесса, теперь это не обязательно.
В результатах последнего мазка выявлен стрептокок вир. (помимо прочих) в концентрации КОЕ 10 в 6 ст (колоний образующие единицы), видимо. Так вот в норме на миндалинах живет большое количество микроорганизмов и принята "нормальная" их концентрация, равная 10 в 3 степени КОЕ. Но существуют особенности "семейной" флоры, когда возможны отклонения. То есть возможно предположить, что имеется хронический тонзиллит, вызванные стрептококком вир.
Ниже поэтапно приведу план дообследования, чтобы все это проверить.
При этом лимфоузлы в размере 1-1.3см - не увеличены. Тут важна их форма и консистенция. Если л.у. овальной формы (типа 1 на 0.7см), обычно васкуляризированы, внутри нет признаков деструкции, то можно оченивать их как нормальные. Причина болей не в них.
Во-вторых. Киста, обнаруженная в правой вч пазухе (а киста это или нет, возможно сказать только при биопсии, на КТ это определить невозможно), так вот это может быть хронический воспалительный процесс, из-за которого в носоглотку будет попадать слизь. Искривление перегородки и увеличение слизистой нн раковин могут этому способствовать.
В-третьих. Что вероятнее всего - из-за смещения позвонков шейного отдела позвоночного столба сдавливается нервное сплетение, вокруг позвоночной артерии, что может вызывать боли, в том числе и в горле. Например когда Ваш ребенок сдавил гортань, мог быть сдавлен также языкоглоточный нерв (он имеет переключения со сплетением позвоночной артерии), что могло быть провоцирующим фактором. Верхний плечевой пояс и верхние конечности иннервируются шейным сплетением и при "сдавлении" корешков межпозвоночных отверстий - могут быть боли, иррадиирующие в руку, подчелюстную область и в ухо.
Тут я не компетентен, может что-то написал неверно, буду рад, если коллеги-неврологи поправят.)
В-четвертых. Необходимо исключить синдром Иглу. Когда увеличивается шиловидный отросток, вызывая боли в подчелюстной области. Это возможно просмотреть на КТ, которую Вы выполнили, если достаточно "низко" делали срезы. В норме шиловидный отросток условно до 3.5-4 см. Рентгенологи обычно не описывают его, при КТ ОНП. Но ЛОР-врач или невролог может просмотреть СД (если есть).
Теперь пошагово напишу, что я советую сделать:
1) Дневник с замером Т тела в течение 2 недель, утром и вечером.
2) Сдать кровь на ревмопробы (С-реактивный белок, АСЛО, ревмофактор. Если уровни выше нормы - рассматривать вариант о декомпенсированном тонзиллите.
3) Выполнить ФЭГДС с целью исключения ГЭРБ. Возможна также диагностика "лечением", при приеме омепразола (если нет противопоказаний) утром натощак по 20 мг, в течение 2 недель - должно наступить улучшение, если это ГЭРБ. Если ГЭРБ - к гастроэнтерологу.
4) Выполнить эндоскопический осмотр носовой полости и носоглотки (осмотр устьев ОНП, особенно справа, патологических новообразований).
5) Необходима консультация грамотного невролога, чтобы понять что с шеей, ведь какие-то изменения в шейном отделе есть. А диагноз типа остеохондроз -ни о чем не говорит.
Еще скажу, что курсы антибиотикотерапии, вероятно были лишними, по крайней мере по Вашему описанию показаний к ним не было. Особенно к цефтриаксону - к нему природная устойчивость у стрептококков (он их часто не берет).
Много получилось информации выплеснуть, надеюсь не запутал и что-то пригодится.