Квартиру перевели в нежилой фонд и сделали отдельный вход?...
.
Начните с ознакомления с СанПиН 2.1.3.2630 -10 «Санитарно-эпидемиологические требования к организациям, осуществляющим медицинскую деятельность» и почитайте темы в разделе "Частная практика" форума.
.
А выбор между ИП и ООО придется делать самим, т.к. минусы и плюсы есть в любой форме деятельности.