1. При наступлении беременности дозу тироксина увеличивают на 50% от той дозы, на которой наступила компенсация. Судя по всему, Вы не смотрели ТТГ на 50 мкг тироксина. Возможно, хватит и 75 мкг, но можно начать со 125 мкг (сейчас лучше больше, чем меньше), через 2 недели сдайте свТ4.
2. При приеме эутирокса йодомарин не нужен
3. АТ ТРО ни врача, ни Вас больше никогда в жизни интересовать не должны. Наличие этих антител может привести к гипотиреозу (что и произошло), больше никакого вреда они не причинят. Динамику их не оценивают.