Есть ли у кого-нибудь под рукой алгоритмы, по которым осуществляется дальнейшая идентификация после получения роста (гемокультура)на не-селективной среде. Как отличают, кто- дрожжевой грибок- и посеется на Сабуро, кто- бактерия, или скажем, актиномицет, и как подбирают среды в дальнейшем.
Были ли у кого-нибудь случаи, что высеявшийся организм сочли за дрожжи, и он рос себе на Сабуро, и даже как-то идентифицировался по АПИ, а потом из-за каких-то неувязок к нему присмотрелись поподробнее, и- он оказался бактерией?
Tusia
27.03.2007, 00:06
"Настольная книга" российского бактериолога - 535-й приказ, а именно МЕТОДИЧЕСКИЕ УКАЗАНИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ УНИФИЦИРОВАННЫХ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИХ (БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКИХ) МЕТОДОВ ИССЛЕДОВАНИЯ
В КЛИНИКО-ДИАГНОСТИЧЕСКИХ ЛАБОРАТОРИЯХ, 1985 года.
Что касается "дальнейшей идентификации после получения роста (гемокультура)на не-селективной среде", то алгоритмы выбора сред там не расписаны. Цитирую:
При появлении видимого роста делают мазки, окрашивают их по Граму, и, в соответствии с данными бактериоскопии, делают высевы на среды для определения чувствительности к антибактериальным препаратам и проводят идентификацию выделенных бактерий. При подозрении на анаэробную флору делают параллельные высевы для культивирования в аэробных и анаэробных условиях.
В разных лабораториях могут быть разные "наработки" (многое зависит от материальной обеспеченности лаборатории), но микроскопия имеет первостепенное значение.
Были ли у кого-нибудь случаи, что высеявшийся организм сочли за дрожжи, и он рос себе на Сабуро, и даже как-то идентифицировался по АПИ, а потом из-за каких-то неувязок к нему присмотрелись поподробнее, и- он оказался бактерией?
А как же! :D Только наоборот (даже признаваться стыдно): у меня несколько раз Candida albicans, выросшая на Эндо, "идентифицировалась" как бактерия. (Это в начале работы, когда я еще микроскопию недооценивала ;) )
Как отличают, кто- дрожжевой грибок- и посеется на Сабуро, кто- бактерия 535-й приказ для выявления возбудителя грибкового сепсиса рекомендует засевать кровь в том числе и на жидкую среду Сабуро.
Anton Verbine
27.03.2007, 13:06
...(Это в начале работы, когда я еще микроскопию недооценивала ;) )
....
...а насколько точна в таком аспекте микроскопия?. Насколько я понимаю, клетки дрожжей могут варьировать по размеру от 1 до 10 микрон... И форма- тоже разная...
AlexT
27.03.2007, 13:56
В принципе сейчас можно доказать наличие именно кандид определением антигена кандид или ПЦР на ккандиды как в исслледуемой культуре, так и непосредственно в крови
Anton Verbine
27.03.2007, 17:22
В принципе сейчас можно доказать наличие именно кандид определением антигена кандид или ПЦР на ккандиды как в исслледуемой культуре, так и непосредственно в крови
...я в данном случае и обкатываю ПЦР диагностику у определённой подгруппы больных с сепсисом, только не кандиды, а вообше всех дрожжей, с "пан-грибковым" праймером и последующим секвенированием. Однако, для изначальной "регулировки" системы, мне нужно четко знать, с чем я имею дело. И просто определение ДНК микроорганизма в пробе, кстати, мало поможет, т.к. метод чувствителен вполне- нужна привязка к гемокультуре. Вот я и тестирую на местном микроорганизме, наделавшем делов в отделении- организм мне продали как редкую дрожжь. А ПЦР выпадает отрицательной. Вот я и пытаюсь разобраться , что мне подсунули. как в детской загадке- растет на Сабуро, но- медленно, продуцирует красно-розовый фермент, по форме бациллистый(размер померять сам не могу), и тд
AlexT
27.03.2007, 19:16
А как идентифицировали сначала на API этот микрорганизм?
Anton Verbine
27.03.2007, 19:26
А как идентифицировали сначала на API этот микрорганизм?
По ID 32 C (био-Мерье, Франция) "наиболее близко" к Родоторула минута (там всего 3 вида родоторулы). К сожалению, что именно значит "наиболее близко"- микробиология молчит.
Меня же интересует один шаг до АПИ- как именно обычно решается, что дрожжи - это дрожжи, и какова чувствительность и специфичность этих тестов- бактерия- не бактерия? Т.к. , насколько я понимаю, если инокулировать бактерию в эту АПИ для дрожжей, то, вполне возможно, кто-нибудь из них тоже будет разлагать галактозу, сахарозу, лактозу етц.
AlexT
27.03.2007, 19:40
[Ссылки могут видеть только зарегистрированные и активированные пользователи]
вот к примеру протокол исследования гемокультуры.
Anton Verbine
27.03.2007, 19:54
спасибо. мне бы что-нибудь подобное, только не про чувствительность, а- про специфичность.
Попробую поискать на молбиол.ру
Tusia
28.03.2007, 13:00
Вот я и тестирую на местном микроорганизме, наделавшем делов в отделении- организм мне продали как редкую дрожжь. А ПЦР выпадает отрицательной. Вот я и пытаюсь разобраться , что мне подсунули. как в детской загадке- растет на Сабуро, но- медленно, продуцирует красно-розовый фермент, по форме бациллистый(размер померять сам не могу), и тд
По ID 32 C (био-Мерье, Франция) "наиболее близко" к Родоторула минута (там всего 3 вида родоторулы). К сожалению, что именно значит "наиболее близко"- микробиология молчит.
С одной стороны - может, и правда, родоторула, только другая какая-нибудь (как раз и пигмент присутствует). С другой стороны (если ПЦР отрицательна), да еще "бациллистый", почему-то про серрацию подумалось. Вы не пробовали ее в API для энтеробактерий "засунуть"?
Вообще, кроме Сабуро, она еще на каких-нибудь средах растет?
насколько я понимаю, если инокулировать бактерию в эту АПИ для дрожжей, то, вполне возможно, кто-нибудь из них тоже будет разлагать галактозу, сахарозу, лактозу етц.
конечно
Anton Verbine
28.03.2007, 13:45
всё, отбой воздушной тревоги.
Я не в АПИ засунул, мы лучше сделали- с бактериальными праймерами k 16s прореплицировали, получили сигнал и отсеквенировали.
Что вы думаете? Конечно, не Родоторула. Более того, не дрожжь. А Метилобактерия, редкая медленно растушшая тварь. Гомология 98-99% с несколькими Генбанковскими штаммами (кстати, АПИ для Энтеробактерий, наверное, тоже как-нибудь ее идентифицировало бы, хотя Метиллобактерий там, думаю, нет.:))
Завтра обрадую микробиологов. Думаю, они попробуют сказать, что контаминант- но я им не дам. По иронии судьбы, эта дрянь предпочитает Сабуро, растет медленно, и делает розовый пигмент, который становится коралловым при долгой инкубации- абсолютно точное описание нашего штамма. Плюс, отдельные неясности данного случая, включая не-чувствительность к Амфо- которую я видел своими глазами, а братская лаборатория замяла- прояснились.
Нобелевскую, конечно, за это не дадут, но гордиться есть чем. Для лаборатории она была бы родоторулой навечно, и больные бы продолжали получать амфо (удовольствие так себе)
Кстати, а что получается, если дрожжи покрасить по Граму?
DmitryTro
28.03.2007, 14:41
Грамм "-" - он и в Африке (Италии, дрожжей) Грамм "-"
Tusia
28.03.2007, 14:43
Нобелевскую, конечно, за это не дадут, но гордиться есть чем. Для лаборатории она была бы родоторулой навечно, и больные бы продолжали получать амфо (удовольствие так себе)
Поздравляю! Статью писать будете? :)
Кстати, а что получается, если дрожжи покрасить по Граму?Примерно вот это [Ссылки могут видеть только зарегистрированные и активированные пользователи] (обычно я такие вижу - клетки по сравнению с бактериями очень крупные), но лучше самим покрасить и посмотреть :)
Anton Verbine
28.03.2007, 16:08
Примерно вот это [url]...
...все меня норовят обмануть, что за напасть... И Вы, по-моему, вместо окраски по Граму мне что-то другое подсовываете...:) Гимза?
А статью- да, наверное. Только сначала надо бы, конечно, разобраться с источником. Ух, чует мое сердце- это из диализата, "ультрачистого". И вместо работы по сепсису- получу я опять хронический диализный проэкт, несколько менее мне интересный...
Anton Verbine
28.03.2007, 16:18
izvinjajus'- okazyvaetsja drozhzhi G+
[Ссылки могут видеть только зарегистрированные и активированные пользователи]
DmitryTro
28.03.2007, 16:23
А не осталось проб сыворотки/плазмы пациентов во время удаления катетеров - проставить, доказать бактериемию, очиститься от обвинений в контаминанте.
А разве фильтра на входе в диализный аппарат (Diasafe, Ultrasafe и т.д.) не стоит?
Anton Verbine
28.03.2007, 20:00
пробы крови- кое-какие остались, на днях всё посмотрим, просто смотреть кровь не стандартизованными системами, а- самодельными праймерами (чувствительность неизвестна, да и специфичность, по большому счету)- это отвечать на одни вопросы за счет появления новых. Хорошо- если проба выйдет положительной, а если- нет?... :)С культурой проше- отправил в реф. лабораторию для идентификации- поди, те не ошибуться. Накладок много было, мне сразу показалось странно, что бациллки видно только на высоком увеличении, и лежат они совершенно свободно. То, что они ползают- я относил к броуновскому движению, а вздутия у них- как у родоторулы на рисунке без масштаба (у метилобактерии, оказ., есть вакуоли, кот. "толстят"). Но так как я вижу дрожжи в микроскоп раз в год в случайном анализе, и в основном- кандиду- подумал- бог с ними, с микробиологами, им видней...
фильтры стоят, а что толку. Даже ультра-чистая вода по фармакопее отличается от стерильной в 100 000 раз по КОЕ/мл,(0.1 вс 0.000001) (по эндотоксину- одно и то же) [Ссылки могут видеть только зарегистрированные и активированные пользователи] . Кстати , тут была интересная работа одну из диализных машин использовать постоянно как продуцент замешаюшего р-ра, а р-р в мешки, и на тачке в ОИТ... В свете всего проишодяшего и с этой светлой идеей могут быть некоторые проблемы.
Кстати, у этой метилобактерии есть неплохо описанные штаммы, весьма резистентные к хлорированию, почему она и фигурирует как контаминант нередко, просто про такие вспышки я пока нигде не читал- может, новый штамм. А может- и вид...:)
DmitryTro
28.03.2007, 20:24
...фильтры стоят, а что толку...
Неужели новый вид легче 40тыс.Дальтон?
Кстати, у этой метилобактерии есть неплохо описанные штаммы, весьма резистентные к хлорированию...
А что, дезинфекция диализных аппаратов проводится только гипохлоридом без чередования с тепловой, цитратной, надуксусной?
DmitryTro
29.03.2007, 07:12
...одну из диализных машин использовать постоянно как продуцент замешаюшего р-ра, а р-р в мешки, и на тачке в ОИТ... В свете всего проишодяшего и с этой светлой идеей могут быть некоторые проблемы.
Пробовали, при штатном программном обеспечении получить более 10л/час невозможно, пришлось "химичить" с сервисным доступом к диализному аппарату. Вроде бы получалось, да стерильные 5л мешки закончились, да и хлопот было достаточно. Видимо, проще купить старенькую фрезовскую систему для подготовки растворов Genius90.
Anton Verbine
29.03.2007, 12:58
А что, дезинфекция диализных аппаратов проводится только гипохлоридом без чередования с тепловой, цитратной, надуксусной?
...насколько мне известно, дезинфекция проводится как положено, с чередованием. Пока непонятно- откуда это все, сел где-то в трубе, и отложил биофильм, или свободно в воде плавает. Короче, непочатый край работы.
п.с. Микробиология оскорбилась, послали в реф. лабораторию. Я сегодня сам по граму покрасил- грам-отрицательная палочка, со вздутиями, и, сдаётся мне- движется. Размер померять сам не могу- пусть теперь мудохаются сами, как знают...;)
DmitryTro
29.03.2007, 13:03
п.с. Микробиология оскорбилась, послали в реф. лабораторию.
Ха! Только оскорбилась! У нас бы тоже послали..., но не в реф.лабораторию.
qwerty
29.03.2007, 13:51
Я сегодня сам по граму покрасил- грам-отрицательная палочка, со вздутиями, и, сдаётся мне- движется. Размер померять сам не могу- пусть теперь мудохаются сами, как знают...;)
А почему трудно размер определить? Неужели микроскопы без микрометра?
Anton Verbine
29.03.2007, 16:25
А почему трудно размер определить? Неужели микроскопы без микрометра?
у нас, в нефрологии- да, без микрометров. в микробиологии, наверное, есть, но там на меня теперь косо смотрят...:)
qwerty
29.03.2007, 19:09
Теоретически к каждому микроскопу прилагается окуляр-микрометр. Где-нибудь он прикопан. Советую поискать.
Anton Verbine
04.04.2007, 12:12
Все, нашли микрометр. 1.5- 2.5 микрон, а бывают- до 10, короче- по размеру отличить от дрожжей невозможно. По виду- можно, но только если эту родоторулу до этого знать в лицо.
Микробиологи подобрали среды, повторили свои "профиля", и признали- Метилобактерия. То же говорит профессор из Падуи. Кстати, из одной из "реферрентных" лабораторий у них был ответ- родоторула.
Есть маза, кстати, что этот архаичный вид по причине обитания в чистой воде жаден до источников углерода и азота, и разлагает не только метан, но и некоторые дезинфектанты. Короче, ультрачистая вода после хлорирования, и диализная машина с органич. альдегидами и кислотами- ему экологически благоприятствует.
m_vainshtein
27.07.2009, 08:11
Все, нашли микрометр. 1.5- 2.5 микрон, а бывают- до 10, короче- по размеру отличить от дрожжей невозможно. По виду- можно, но только если эту родоторулу до этого знать в лицо.
Микробиологи подобрали среды, повторили свои "профиля", и признали- Метилобактерия. То же говорит профессор из Падуи. Кстати, из одной из "реферрентных" лабораторий у них был ответ- родоторула.
Есть маза, кстати, что этот архаичный вид по причине обитания в чистой воде жаден до источников углерода и азота, и разлагает не только метан, но и некоторые дезинфектанты. Короче, ультрачистая вода после хлорирования, и диализная машина с органич. альдегидами и кислотами- ему экологически благоприятствует.
Привет! Я ни разу не медик, но древний микробиолог-бактериолог, не связанный с медициной.
Традиционно сложилось, что бактерий идентифицировали, начиная с микроскопии и с посевов на селективные среды. Всё, забудьте, теперь нет ничего надёжнее, чем ПЦР + гибридизация ДНК с наиболее близкими (если подозревается новый вид). Это, может быть, дороже, но быстрее и достовернее, чем прежние методы.
Да, по размеру дрожжи могут выдать себя за крупных бактерий. Метиловый красный угнетает эукариот, то есть дрожжи, и есть направленные ингибиторы синтеза именно бактериальной стенки, - но всегда можно нарваться на редкого мутанта. Окраска по Граму бывает вариабельна или может меняться в зависимости от возраста культуры. Кстати, её успешно заменяет (для бактерий; для дрожжей - не знаю) реакция колонии с 2% КОН.
Ведущий специалист по систематике, идентификации и физиологии метилобактерий в России - д.б.н. Юрий Александровия Троценко, зав. лаборатории в Ин-те биохимии и физиологии микроорганизмов РАН: [Ссылки могут видеть только зарегистрированные и активированные пользователи]
Удачи!
Михаил Вайнштейн