Я, конечно, не эксперт, но как-то Акинетобактер рассматривают как типичный внутрибольничный патоген.
Если у двух новорожденных в одном отделении он обнаружен - также возникают эти мысли.
Если у них одинаковый спектр чувствительности к антибиотикам - вероятно, это один и тот же штамм, и вряд ли разные матери передали его детям "вертикальным" путем.
У меня был такой опыт: дружественная нам бак.лаборатория за деньги проводит микробиологическую оценку помещений. Мы заплатили им 1500 р (ок. 50$) наличными, пришла их сотрудница, сделала смывы там, где мы попросили (помимо всяких тумбочек - датчик допплера, мышь компьютера и т.п.). Выдали нам заключение, что злобных микробов не обнаружено, мы гордо храним его
Может быть, помимо лечения этих новорожденных, Вы можете пригласить такую лабораторию и поискать источник?
Хотя, конечно, есть много процедурных вопросов - есть официальный эпидемиолог стационара, горСЭС и т.п.